Qyteti i Lipjanit është i pozicionuar në udhëkryqin në mes të dy rrugëve të rëndësishme 25/E 752 dhe 2/E 65, dhe të hekurudhës kryesore Mitrovicë-Shkup. Në jug një rrugë e rëndësishme e përshkon qytetin. Me këtë, qyteti është i pajisur mirë me infrastrukturë rrugore. Që prej se rruga 25/E 752 u anashkalu problemet e trafikut të dendur janë zvogëluar.

Komuna paraqitet në ndarje të tërthortë në rrafsh të Fushë Kosovës e rrafshlartat e Blinajës, Caralevës dhe Drenicës në perëndim dhe rrafshlarta e rrafshit të Androvackës në lindje. Lugina e Drenicës kalon nëpërmes të pjesës perëndimore të komunës (zona përreth Shalës). Kjo zonë ka lidhje më të afërt hapsinore me Gllogovcin. Qyteti i Lipjanit shtrihet në mes të rrafshit të Fushë Kosovës në një lartësi përafërshisht rreth 550 m. Majet më të larta në lindje dhe perëndim së bashku arrijnë mbi 1000m.

Lumi kryesorë i komunës është Sitnica, që rrjedh në drejtim jug-veri përmes të rrafshit. Në të derdhen disa lumenj të vegjël dhe prrocka, burimi i të cilave është në mallet përreth. Më të rëndësishmet janë lumi Janjevka, Zegorka dhe Gadimja.